1、2006年3月大学毕业生王某与北京某公司、学校三方签订了《就业协议》，协议约定王某在规定的时间到用人单位报到，王某进入公司第一年为见习期，服务期3年，未按规定完成服务期，每相差一年支付1万元违约金，不满一年按一年计算，双方权利义务依报到后签订的劳动合同为准。7月10月，某公司与王某签订3年的劳动合同，并规定了试用期。8月中旬王某认为不适宜在该公司工作并提出辞职申请。公司扣留了他的档案，不予办理解除劳动合同的相关手续，并要求王某支付3万元违约金。结合该案例分析王某与公司的做法是否合法？就业协议与劳动合同的关系如何处理？

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