1999年2月，某市政府讨论决定在本市逢春乡曲丽村兴建一个电子工业区。市委常委、副市长联席会议在听取有关的汇报之后，同意与被征地单位签订征地协议。据此，在未经过法定申请报批的情况下，市城建办主持电子工业区建设办公室与曲丽村办事处签订了一份征地协议。市政府办公室于1999年11月批准曲丽村电子工业加工区办公室征用土地50公顷，其中基本农田5公顷，其他耕地20公顷，其他土地25公顷，所征土地没有报经有关部门审批。上述征地，已按协议支付了用地补偿等费用3000万元。
问题：
(1)政府的批准征地行为是否合法，为什么?
(2)你认为本案应该如何处理?

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